All’interno del museo vengono ibridate, in modo apparentemente contraddittorio, spazialità labirintiche e percorsi a spirale tipici degli antichi peruviani con spazialità contemporanee, lisce e trasparenti. Le condizioni ambientali del deserto Paracas e le esigenze climatiche del museo sono risolte con un “dispositivo di correzione ambientale”, che permette il controllo della luce naturale e artificiale, di ventilazione, umidità e temperatura di tutti gli ambienti interni.