Il museo si trova nella parte meridionale di una fortezza del XIX secolo – la Cittadella di Varsavia – e comprende tre edifici storici. L’intero complesso è stato progettato come un parco con una foresta che simoboleggia quella di Katyń nel centro della piazza principale. Le 100 piante si riferiscono alla orribile verità che è stata nascosta nella foresta per oltre cinquant’anni. L’esposizione principale si svolge su due livelli del Caponier, una struttura storica di fortificazione. Il primo livello contiene informazioni sul massacro di Katyń, dove i visitatori possono conoscere i fatti storici e vedere i reperti trovati nelle fosse comuni. Il secondo livello della mostra è dedicato alle tragedie personali delle famiglie delle vittime e costituisce un luogo di contemplazione.

L’uscita del museo si trasforma nella Galleria dei morti – un passaggio di 20 metri costruito con calcestruzzo nero, disegnato da Jerzy Kalina, che si apre sul Vicolo dei dispersi. “Dispersi” perché il vicolo è pieno di piedistalli vuoti, su cui sono incise solo le professioni dei defunti: poliziotto, medico, avvocato, architetto ... Il sentiero conduce al terzo edificio – il cannone ad arcate con portici smaltati, che presenta 15 targhe con i nomi dei 21.768 assassinati.

Ogni volta che la narrazione della mostra lo ha richiesto, gli architetti hanno utilizzato il cemento spatolato, trasformandolo in un mezzo di espressione architettonica. Parti di lettere e altri beni personali delle vittime sono stati impressi sul calcestruzzo, continuando la mostra al di fuori degli edifici. Qui l’espressione architettonica è particolarmente forte: l’apertura lunga 12 metri che divide la Cittadella conduce in due direzioni: in basso verso le placche con i nomi delle vittime, e in alto – verso il cielo e la luce. Una croce di quercia conclude la drammatica storia di Katyń.